防治方法一是严格天麻种的挑选。生产中应选用无性繁殖末超过3代，且生长点明显，芽瘤突起，无菌无病的优良天麻种。最好选用有性杂交繁有的零代或一代杂交天麻良种，如“宜红优1号、乌×红”杂交天麻品系。无性繁殖的多代天麻种因种性退化，适应性与抗逆性减弱，往往带有生理性病毒不易察觉，栽培后导致病害或低产甚至绝收。挑选天麻种时，如发现种麻体不饱满、生长点不明显、有腐烂斑迹哪怕是一丁点都应弃之不用。二是严格蜜环菌材的挑选。培养菌材时，要挑选无杂菌感染的蜜环菌种材，发现杂菌感染的种材和菌材要及时消除。鉴别蜜环菌与杂菌的表象特征在于，蜜环菌和菌丝为粉白色，着生于树皮内；蜜环菌的菌索前端为白色，中间红棕色，尾端黑色，圆形，网状交织于菌材表面，在黑暗处发光(荧光)。而杂菌一般为单一色，如白色、绿色、墨色等，大多附着在树皮的表面，呈束状、片状分布或扇形分布，在黑暗处不发光。三是严格栽培环境和栽培场地的挑选。野外栽培要选择无杂菌或杂菌较少的、不带菌或带菌较少的生荒土地，栽培时做好消毒灭菌工作；室内栽培一定要注重清洁卫生，务必搞好环境栽培卫生。
虫害及其防治常见的危害天麻的害虫有楼姑、脐糟和白蚂蚁等。楼姑以成虫或幼虫在天麻表土层下开掘纵横隧道，嚼食天麻块茎；脐糟就是金龟子的幼虫，食性杂，分布广，可将天麻块茎咬成空洞，或将正在发育的天麻顶芽破坏；白蚂蚁除啃食天麻块茎外，还啃食蜜环菌的菌丝和菌索。其防治方法，一是人工捕杀。一旦发现栽培场地表层土或沙有隆起现象，可扒开土或沙，进行人工捕捉杀灭。二是灯光诱杀。可借助昆虫大多具有趋光性的特点，在天麻栽培场地设置黑光灯进行成虫诱杀。三是药物诱杀。发现白蚂蚁为害时，可在栽培场地定点撤放灭蚁灵或防害灵粉剂；还可在栽培场地四周或在菌材及鲜材上放几块松木板，引白蚂蚁到松木板上予以消灭。四是栽培前做好防虫杀虫工作，避免减少损失。